Лабораториите се формираат за практично изведување на наставно-образовната, научноистражувачката и применувачката, односно апликативната дејност за потребите на институтот, и пошироко односно за потребите на другите организациони единици на Факултетот.
Во рамките на Ветеринарниот институт се организираат следниве лаборатории:
- Лабораторија за микробиологија (повеќе)
- Лабораторија за серологија и молекуларна дијагностика (повеќе)
- Лабораторија за паразитологија и паразитни заболувања (повеќе)
- Лабораторија за ТСЕ (повеќе)
- Лабораторија за дијагностика на болести кај риби, пчели и ловен дивеч (повеќе)
- Лабораторија за патологија и патохистолигија (повеќе)
- Лабораторија за патофизиологија (повеќе)
- Лабораторија за дијагностика на беснило (повеќе)
- Лабораторија за хигиена на животните и заштита на животната средина (повеќе)
- Кабинет за визуелна дијагностика (повеќе)
- Приемно одделение (повеќе)
Во рамките на Институтот за храна се организираат следниве лаборатории:
- Лабораторија за микробиологија на храна и добиточна храна (повеќе)
- Лабораторија за квалитет на храна и добиточна храна (повеќе)
- Лабораторија за резидуи и контаминенти (повеќе)
- Лабораторија за квалитет на сирово млеко (повеќе)
- Лабораторија за фармакологија и токсикологија (повеќе)
Во рамките на Институтот за репродукција и биомедицина се организираат следниве лаборатории: