Лабoраторијата за микробиологија е поделена на вирусолошки и бактериолошки дел.
Првиот – вирусолошки дел, се користи за одржување на култури на клетки и субкултивација на истите, кои потоа се користат за изолација на вирусите.

Втората просторија во склопот на вирусолошкиот дел, се користи за изолација на вирусните причинителите на култура на клетки и ембрионирани кокошкини јајца и се врши нивна идентификација со примена на имунофлуресцентна дијагностика, серум неутрализациски тест, инхибиција на хемаглутинација и други вирусошки методи. Овде се врши дијагностика на поважните вирусни забололувања како што се aвијарна инфлуенца, говедска вирусна дијареа, класична свинска чума и дијагностика на заболувања предизвикани од бактерии кои не можат да се култивираат на вештачки хранителни подлоги, како хламидиозаата (ензоотски абортус кај овците).

Вториот – бактериолошки дел, е поделен во три посебни функционални дела. Во првиот дел се работи на рутинска изолација и идентификација на бактерии и габи за кои не се потребни посебни услови за заштита на лабораторискиот персонал. Во останатите два дела, кои се физички одвоени од првиот дел, се изолираат и идентификуваат патогени кои побаруваат лабораториско ниво 2 одн. ниво 3 на биосигурност. Во овој дел се дијагностицираат поважните бактериски заболувања како бруцелоза, туберкулоза, ентеротоксемија, шушкавец, салмонелоза, колибацилоза и др., со изолација на нивните причинители на хранителни подлоги и нивна идентификација со примена на микроскопски, биохемиски и серолошки методи. Покрај изолацијата/идентификацијата, онаму каде е тоа потребно се изготвува и антибиограм.