Центрите се формираат заради изведување, организирање и поттикнување на научноистражувачката и наставно-образовната работа на Факултеттот, пренесување на употребата на современите методи на работа, сознанијата и достигнувања. Центрите вршат применувачка, односно апликативна дејност.
Во рамките на Ветеринарниот институт се организираат следниот центар:
- Центар за зоонози (повеќе)
Во рамките на Институтот за храна се организираат:
- Центар за несакани дејства и информирање за ветеринарно медицински препарати (повеќе)
- Центар за едукација за безбедност на храната и ветеринарно јавно здравство (повеќе)
Во рамките на Институтот за репродукција и биомедицина се организираат:
- Центар за вештачко осемнување
- Центар за благосостојба на животните (повеќе)