За вршење на својата дејност Факултетот за ветеринарна медицина-Скопје е организиран во наставно-научни организациони единици – Институти и тоа:
- Ветеринарен институт
- Институт за храна
- Институт за репродукција и биомедицина
Во состав на Институтите се катедрите, лабораториите и клиниките на Факултетот во кои се изведува наставата за студнтите, научната работа и апликативната дајност на Факултетот.
Ветеринарниот институт располага со капацитети кои овозможуваат изучување на суштината на ветеринарната медицина преку т.н. клиничките предмети. Освен тоа, во овој Институт се сместени лабораториите за дијагностика на заразните болести кај домашните животни, особено на оние кои можат да се пренесат на луѓето или поради големите економски загуби се од јавен интерес, поради што нивната контрола и сузбивање е регулирана со закон. Составен дел од Ветеринарниот институт е и Универзитетската ветеринарна болница каде се вршат специјалистички прегледи, хируршки третмани и лекување на животните.
Во Институтот за храна се вклучени катедрите кои ја опфаќаат проблематиката на безбедноста на храната и ветеринарното јавно здравство. Лабораториите што се дел од овој институт вршат испитување на квалитетот и безбедноста на храната, односно на нејзината исправност за конзумација. Храната се испитува од микрибиолошки, хемиски и нутритивен аспект. Освен храната намената за човечка употреба, се испитува и храната наменета за исхрана на животните, како и водата за пиење.
Институтот за репродукција и биомедицина ги има во состав катедрите и лабораториите што се занимаваат со проблематиката врзана за репродукција и одгледувањето на животните, како и катедрите од повеќето базични и предклинички предмети. Во Институтот за репродукција и биомедицина се вршат голем број на истражувања и апликативна работа преку лабораторијата за производство, криоконзервирање и контрола на семе од домашни животни како и лабораторијата за асистирана репродукција. Во лабораторија за пластинација се подготвуваат трајни анатомски модели кои се користат како нагледни средства при едукација на студентите додека лабораторијата за хистологија со ембриологија и лабораторија за клиничка биохемија и биологија на клетка се комплетно функционално поставени за потребите на Универзитетската ветеринарна болница на Факултетот.