Лабораториите на Факултетот се формираат и функционираат пред се за практично изведување на наставно-образовната, научно-истражувачката и применувачката, односно апликативната дејност.
Во рамките на Факултетот за ветеринарна медицина-Скопје се организирании следниве лаборатории:
- Лаборатории во кои се изведуваат анализи со акредитирани методи од соодветно научно-истражувачко подрачје согласно стандардот MKC EN ISO/IEC 17025 (линк до Институтот) и
- Лаборатории при катедрите кои се во функција на Факултетот, и тоа:
- Лабораторија за пластинација (повеќе)
- Лабораторија за клиничка биохемија (повеќе)
- Лабораторија за клиничка микробиологија (повеќе)
- Лабораторија за применета ембриологија (повеќе)
- Лабораторија за хистологија и патохистолигија (повеќе)
- Лабораторија за биологија и патологија на пчели (повеќе)
- Лабораторија за андрологија и криопрезервација на гамети (повеќе)