Факултетот за ветеринарна медицина во Скопје има континуирана соработка со бројни сродни институции во регионот, во Европа и пошироко. Наставно-научниот кадар се има усовршувано во водечките научно-истражувачки установи од областа на ветеринарната медицина во земјите од Европската Унија. На Факултетот предаваат реномирани визитинг професори од Европа кои своето знаење им го пренесуваат на нашите студенти. Исто така, професори од ФВМ-С држат предавања на универзитети во Европа.
На Факултетот се имаат реализирано и се реализираат голем број национални, билатерални и меѓународни проекти. Во голем дел од нив удел има Европската Унија (FP6, COST акцијата), а како партнери се јавуваат Велика Британија, Франција, Германија, Италија, Словенија и други земји. Преку овие проекти нашиот наставно-научен кадар не само што се има стекнато со стручност соодветна на онаа на кадарот од развиените земји, туку се има оспособено да обучува стручен кадар од земјите во развој. Во рамките на овие активности ФВМС има угостено бројни стучњаци од разни европски и воневропски земји (Белорусија, Монголија, Таџикистан, Судан, Мадагаскар), кои ги користеле нашите ресурси за свое усовршување, или пак нашиот кадар бил гостин на нивните матични институции, и обуката била спроведувана таму.