Апликацијата на Факултетот за ветеринарна медицина-Скопје се врши во своите лаборатории за испитување и дијагностика на болести кај животните, следење и откривање на присуство на резидуи и контаминенти во сировините и производите од животинско потекло според годишниот план, согласно Програмата за користење на средствата за здравствена заштита на животните, Наредбата за преземање мерки за заштита на животните од заразни и паразитарни болести и рокови за спроведување на наредените мерки и Правилникот за начинот на вршење на мониторинг и контрола на присуство на резидуи и контаминенти во живите животни и храната од животинско потекло, начинот на вршење на официјалните контроли и постапките за мониторинг и контрола на резидуи и недозволени супстанции и мерките кои се преземаат во случај на сомнение и на позитивен наод на резидуи и недозовлени супстанции (Сл. весник на РМ бр. 80/2011).
Анализите во лабораториите се согласно програмата за користење на средства за ветеринарно јавно здравство и наредбата за преземање на мерки за ветеринарно јавно здравство за извршување на ветеринарните мерки и контроли за заштита на јавното здравство од контаминенти или резидуи кои се пренесуваат од животните или производите од животинско потекло (Сл. весник на РМ бр.178/2011). Горе наведените апликативни работи Факултетот ги врши за потребите на Агенцијата за храна и ветеринарство, за операторите со храна и добиточна храна и индустријата како и за индивидуалните коминтенти кои имаат потреба за анализи во лабаротории со акредитрани методи според стандардот ISO-17 025.