Во рамките на Ветеринарниот институт се организираат следниве лаборатории:
- Лабораторија за микробиологија (повеќе)
- Лабораторија за серологија и молекуларна дијагностика (повеќе)
- Лабораторија за паразитологија и паразитни заболувања (повеќе)
- Лабораторија за ТСЕ (повеќе)
- Лабораторија за дијагностика на болести кај риби, пчели и ловен дивеч (повеќе)
- Лабораторија за патологија и патохистолигија (повеќе)
- Лабораторија за патофизиологија (повеќе)
- Лабораторија за дијагностика на беснило (повеќе)
- Лабораторија за хигиена на животните и заштита на животната средина (повеќе)
- Кабинет за визуелна дијагностика (повеќе)
- Приемно одделение (повеќе)
