Во рамките на Институтот за храна се организираат следниве лаборатории:
- Лабораторија за микробиологија на храна и добиточна храна (повеќе)
- Лабораторија за квалитет на храна и добиточна храна (повеќе)
- Лабораторија за резидуи и контаминенти (повеќе)
- Лабораторија за квалитет на сирово млеко (повеќе)
- Лабораторија за фармакологија и токсикологија (повеќе)