За вршење на својата дејност Факултетот за ветеринарна медицина-Скопје е организиран во: институт, катедри, лаборатории, центри, Универзитетска ветеринарна болница, библиотека, стручна и административна служба, но може да организира и други внатрешни организациони единици.
- Национален институт за ветеринарство и храна
Институтот е основна внатрешна единица на Факултетот формирана за изведување на високообразовна, научноистражувачка и применувачка дејност. Меѓу другото во рамките на својата дејност институтот може да изведува стручни, советувачки и други применувачки услуги, да развива современи методи кои се од дејноста на институтот, се грижи за пренесувањето на научно-истражувачките достигнувања и новите знаења во наставно-образовниот процес, учествува во организација и изведување на лабораториската и практичната настава на Факултетот, се грижи за развој на научните дисциплини и струки, како и други работи утврдени со Статутот на Факултетот.
Институтот располага со капацитети кои овозможуваат дијагностика на заразните болести кај домашните животни, особено на оние кои можат да се пренесат на луѓето или поради големите економски загуби се од јавен интерес, испитување на квалитетот и безбедноста на храната и водата за пиење, односно на нејзината исправност за понатамошна конзумација (микрибиолошки, хемиски и нутритивен аспект), како и истражувања и апликативна работа за производство, криоконзервирање и контрола на семе од домашни животни.
Во рамките на институтот се организирани и функционираат лаборатории во кои се изведуваат анализи со акредитирани методи од соодветно научно-истражувачко поле по стандардот МКС EN ISO/IEC 17025.
- Лабораторија за паразитологија и паразитни заболувања (повеќе)
- Лабораторија за серологија (повеќе)
- Лабораторија за молекуларна дијагностика и генетски анализи (повеќе)
- Лабораторија за ТСЕ (повеќе)
- Лабораторија за дијагностика на беснило (повеќе)
- Лабораторија за аналитичка хемија на храна и храна за животни
- Лабораторија за микробиологија на храна и добиточна храна (повеќе)
- Лабораторија за квалитет на сурово млеко (повеќе)
- Лабораторија за резидуи и контаминенти (повеќе)
- Лабораторија за молекуларна анализа на храна и генетски модификувани организми
- Лабораторија за хигиена и проценка на благосостојба на животните со заштита на животна средина (повеќе)
- Лабораторија за прием и обработка на примероци