Центрите се формираат заради изведување, организирање и поттикнување на научноистражувачката и наставно-образовната работа на Факултетот, пренесување на употребата на современите методи на работа, сознанијата и достигнувања. Центрите може да вршат и применувачка дејност.
Во рамките на катедрите на Факултет за ветеринарна медицина, се организирани следните центри:
- Центар за едукација за зооносни болести, безбедност на храна и ветеринарно јавно здравство (повеќе)
- Центар за фармакологија и токсикологија со несакани дејства и информирање за ветеринарно медицински препарати (повеќе)
- Центар за благосостојба и однесување на животните (повеќе)
- Центар за асистирана репродукција.