Катедрите претставуваат наставно-научна и функционална целина на Факултетот, кои се формираат со цел да усогласување и развивање на наставно-образовната, научно-истражувачката и применувачката дејност. Катедрата ја сочинуваат вработените избрани во наставнонаучни, научни и соработнички звања, од иста или сродна научна област кои се во редовен работен однос на факултетот.
Катедрите во рамките на својата дејност соработуваат при приготвување на студиските програми и програмите за истражувачката работа, остваруваат наставно-образовна, научно-истражувачка и применувачка, односно апликативна дејност. Една од основните задачи на катедрата е да ги разгледуваат прашањата и проблемите кои настануваат при реализирањето на студиските програми и истовремено ја насочуваат, усогласуваат високообразовната, научноистражувачката и применувачката, односно апликативната работа.
Наставниците во рамките на катедрата се грижат за пренесување на научноистражувачките достигнувања и новите знаења во наставно-образовниот процес и за нивно вклучување во студиските програми во сите циклуси на студии.
Преку катедрите се обавува стручното и научното усовршување на наставниците и соработниците, предлагаат теми за сите организирани циклуси на високото образование, како и учебници, учебни помагала и стручна литература.
Во рамките на Факултетот за ветеринарна медицина се организирани следниве катедри:
- Катедра за хемија (повеќе)
- Катедра за биохемија и биологија на клетка (повеќе)
- Катедра за функционална морфологија (повеќе)
- Катедра за одгледување на животни (повеќе)
- Катедра за исхрана на домашните животни (повеќе)
- Катедра за фармакологија и токсикологија (повеќе)
- Катедра за хигиена на животните и заштина на животната средина (повеќе)
- Катедра за ветеринарна економија, менаџмент и биостатистика (повеќе)
- Катедра за микробиологија и имунологија (повеќе)
- Катедра за паразитологија и паразитни заболувања (повеќе)
- Катедра за управно ветеринарство (повеќе)
- Катедра за патофизиологија (повеќе)
- Катедра за патолошка морфологија и судска медицина (повеќе)
- Катедра за рендгенологија со физикална терапија (повеќе)
- Катедра за внатрешни болести на фармски животни (повеќе)
- Катедра за внатрешни болести на миленици и копитари (повеќе)
- Катедра за заразни болести и епидемиологија (повеќе)
- Катедра за биологија и патологија на пчели, риби и ловен дивеч (повеќе)
- Катедра за болести кај птиците (повеќе)
- Катедра за репродукција (повеќе)
- Катедра за хирургија, ортопедија и офталмологија (повеќе)
- Катедра за безбедност на храна и ветеринарно јавно здраство (повеќе)