Факултетот за ветеринарна медицина –Скопје е основан под називот Ветеринарен факултет – Скопје во учебната 1991/1992 година, како насока на Земјоделскиот факултет во Скопје. Земјоделскиот факултет беше задолжен да отпочне со настава на 6 XI 1991 година со студиите на прва и втора година, со студенти вратени од другите ветеринарни факултети на бившата СФР Југославија.
Подоцна на 30 I 1993 година, Наставно-научниот совет на Земјоделскиот факултет – Скопје донесе одлука за издвојување на насоката на ветеринарниот студиум во засебен Ветеринарен факултет. Веднаш потоа е склушен договор помеѓу Ветеринарниот факултет, Ветеринарниот институт, Главната ветеринарна болница и Земјоделскиот факултет за обезбедување на простор и опрема што ќе се користи за извршување на студиите по ветеринарна медицина. По исполнувањети на сите услови, Министерството за образование и физичка култура донесе решение од 20 IV 1994 година, со што го верифицира формирањето и работењето на Ветеринарниот факултет во Република Македонија.
На барање на Ветеринарниот факултет, Основниот Суд – Скопје I, на 26 IV 2000 година донесе решение за извршена промена на називот на Ветеринарниот факултет во Факултет за ветеринарна медицина (ФВМ). Владата на Република Македонија, во рамките на своите права и обврски, на предлог на Министерството за образование и наука, на седница одржана на 20 X 2003 година, донесе Одлука за припојување на Ветеринарниот институт кон Факултетот за ветеринарна медицина.

Досегашна наставна дејност

Со формирањето на факултетот, во 1991 година, усвоен беше студиски план прилагоден на локалните можности и капацитети во човечки ресурси и простор. Со одвојувањето од Земјоделскиот факултет беше извршена измена и дополнување на студискиот план, при што беа исфрлени одредени наставни целини и воведени нови. Во учебната 2003/2004 година беше формирана работна група на ФВМ со задача изготвување на нов наставен план и реорганизација на наставниот процес при ФВМ. Како појдовна основа за работа групата го користеше предлог наставниот план до кој се дојде во рамките на задачите кои произлегоа од Темпус проектот “Унапредување на ветеринарната едукација во Република Македонија” (Joint European Project No CD-JEP-15017-2000). Работната група темелно анализира и голем број студиски планови и програми на акредитирани европски факултети, како и бројни нови сознанија во подрачјето на биомедицината кои не беа вклучени во стариот студиски програм. Дополнително, во текот на процесот на евалуација факултетот беше посетен од превизитациската комисија на Европската асоцијација на ветеринарни факултети (EAEVE) чија полноправна членка е и ФВМ.
Земајќи ги предвид стекнатите искуства и добиените сугестии, но и специфичностите на ветеринарната струка во Македонија, Факултетот подготви нов студиски план од 5.5 години (11 семестри), каде наставниот процес се одвива според Европскиот Kредит Tрансфер Систем (ЕКТС), а сите предложени промени се одраз на следењето на актуелните состојби во ветеринарството во земјата и Европската унија, светската ветеринарна наука но и општествените состојби особено во областа на земјоделството и стопанството во целина.