Катедрите се формираат во рамките на Институтот за наставни предмети од иста или од сродна научна област, со цел за усогласување и развивање на наставно-образовната, научноистражувачката, применувачката, односно апликативната дејност. Катедрата ја сочинуваат наставниците и соработниците од иста или сродна научна област на факултетот.
Во рамките на катедрите се приготвуваат студиските програми и програмите за истражувачката работа и се се остваруваат наставно-образовна, научноистражувачка и применувачка, односно апликативна дејност. Една од основните задачи на катедрата е да ги разгледуваат прашањата и проблемите кои настануваат при реализирањето на студиските програми и истовремено ја насочуваат, усогласуваат високообразовната, научноистражувачката и применувачката, односно апликативната работа.
Наставниците во рамките на катедрата се грижат за пренесување на научноистражувачките достигнувања и новите знаења во наставно-образовниот процес и за нивно вклучување во студиските програми во сите циклуси на студии.
Преку катедрите се обавува стручното и за научното усовршување на наставниците и соработниците а се предлагаат теми за сите организирани циклуси на високото образование како и учебници, учебни помагала и стручна литература.

Во рамките на Ветеринарниот институт се организираат следниве катедри:

  • Катедра за внатрешни болести на фармски животни (повеќе)
  • Катедра за внатрешни болести на миленици и копитари (повеќе)
  • Катедра за биологија и патологија на пчели, риби и ловен дивеч (повеќе)
  • Катедра за визуелни дијагностички методи (повеќе)
  • Катедра за ветеринарна хирургија (повеќе)
  • Катедра за заразни болести и епидемиологија (повеќе)
  • Катедра за болести кај птиците (повеќе)
  • Катедра за микробиологија и имунологија (повеќе)
  • Катедра за паразитологија и паразитни заболувања (повеќе)
  • Катедра за патолошка морфологија и судска медицина (повеќе)
  • Катедра за патофизиологија (повеќе)
  • Катедра за хигиена на животните и заштина на животната средина (повеќе)

Во рамките на Институтот за храна се организираат следниве катедри:

  • Катедра за безбедностна храна и ветеринарно јавно здраство (повеќе)
  • Катедра за исхрана на домашните животни (повеќе)
  • Катедра за хемија (повеќе)
  • Катедра за фармакологија и токсикологија (повеќе)
  • Катедра за економија и менаџмент (повеќе)
  • Катедра за управно ветеринарство (повеќе)

Во рамките на Институтот за репродукција и биомедицина се организираат следниве катедри:

  • Катедра за биохемија и биологија на клетка (повеќе)
  • Катедра за функционална морфологија (повеќе)
  • Катедра за сточарство (повеќе)
  • Катедра за репродукција (повеќе)